植物代谢组学是代谢组学研究的重要组成部分，是对植物的某一组织或细胞在某一特定生理时期内所有低分子量代谢产物进行定性和定量分析，然后将这些无序的数据根据植物代谢途径或代谢网络及其参与的功能进行分类整理，得到有生物学意义的数据，从而找出生命变化的规律。目前已知的植物有30多万种，尚不包括未知的植物物种，据估计它们产生的代谢物数量有20万-100万种之多，特别是植物次生代谢物，结构迥异。随着植物代谢组学的迅猛发展，目前植物代谢物分析技术、代谢物结构鉴定和数据分析也在不断完善。植物代谢组学在揭示植物生长发育及适应逆境的分子机制中发挥着越来越重要的作用。
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